Sus orígenes se remontan al siglo primero de la era común, en la que doce judíos provenientes de diversas corrientes y esferas sociales, creen que en Yeshua de Nazareth se cumplen las profecías mesiánicas anunciadas en el Tanaj por patriarcas y profetas; razón por la cual aceptan su invitación a seguirle y predicar las buenas nuevas entre la Casa de Israel (Mat 10:1-7). Por estos mismos motivos, el Mesías les promete que durante su reinado -la restauración de la monarquía davídica-; gobernarán conjuntamente con él a las doce tribus de Israel (Mat 19:28).

Luego de la resurrección de Yeshua, los judíos mesiánicos -conocidos entonces por la sociedad jerosolimitana como"Ha Derej" (El Camino)-, además de haber crecido significativamente en número, permanecen como una más de las corrientes judías de la época y el Templo de Jerusalén continúa siendo el centro de su adoración y la puerta de Salomón, su lugar predilecto de reunión (Hechos 2:46, 3:1-26,4:1-4, 5:38-42, 6:7, etc.). Pocos años después y como consecuencia de la muerte de Esteban, a excepción de los apóstoles, la gran mayoría huye de Jerusalén, por lo que el mensaje que les había sido predicado por su amado rabí, comienza a ser escuchado en Judea y Samaria (Hechos 8:1,4).

Sin embargo, no es hasta que Dios llama a su servicio a un joven e intransigente rabino, de nombre Shaul (Saulo-Pablo), para que su mensaje sea llevado a todo el mundo conocido. Momento histórico en el que nace justa e incipientemente el cristianismo (Hechos 11:19-26). Por desgracia y debido a diversos factores políticos, sociales, culturales, y por supuesto, al olvido de la cristiandad al amor fraternal esperado por Dios y predicado por Yeshua:que judíos mesiánicos y cristianos comienzan a caminar a partir del siglo segundo por sendas separadas (aunque unidos espiritualmente en la gracia por el mismo Camino trazado por Yeshua-Jesús).

Largos siglos de dolor, persecución e ignominia, esperaban al judaísmo mesiánico. La huella del antisemitismo no fue menos profunda en sus hijos que en el resto de sus hermanos de las otras corrientes judías, pues a la hora de las persecuciones no importó en absoluto si se creía o no en Yeshua. Por fortuna, nuevos tiempos comenzaron a soplar en Europa de tal forma que durante el siglo XVIII muchos judíos de distintos países, además de creer que Yeshua es el Mesías anunciado en las Kitvei Kodesh (Sagradas Escrituras); consideran que no había ningún impedimento, ni apoyo bíblico, que para creer en su propio Dios, en su propio Mesías, y en sus propias Escrituras; tuviesen que renunciar a su herencia y cultura judía, por lo que tímidamente comienzan a organizarse de nuevo.

Diversas agrupaciones se forman por toda Europa, pero no es sino hasta el 14 de mayo de 1866, en que se forma la Alianza Hebreo-Cristiana de la Gran Bretaña (intentar utilizar el nombre "judío mesiánica" hubiera sido casi un suicidio). Su primer presidente es el Dr. Carl Schwartz, Y su ejemplo rápidamente es seguido por judíos creyente en Yeshua en otros países, por lo que se forman también Alianzas Nacionales en casi todo el continente.

Concluida la Primera Guerra Mundial, las Alianzas Nacionales sobrevivientes convocan a una reunión de carácter internacional en la ciudad de Londres, pues creían que así como el sentimiento sionista imperante en esa época estaba en el fluir de la voluntad divina, también era el momento de unificarse y presentar un frente común ante tanta adversidad e incomprensión (casi siempre proveniente de ambos lados).

El 8 de septiembre de 1925 en la ciudad de Londres, con delegados de dieciocho naciones representando a los cinco continentes, se forma, luego de oración y de escuchar mensajes poderosos así como diversas ponencias con sólidas bases bíblicas y teológicas -acordes por supuesto al tiempo político que se vivía-: la International Hebrew Christian Alliance (hoy International Messianic Jewish Alliance). La presidencia recae en un caballero de la corona británica: Sir Leon Levison.

Actualmente el Secretario Ejecutivo es el Sr. Joel Chernoff. En cuanto a la Alianza de Judíos Mesiánicos de México, la AJMM, es una de las últimas que se han agregado a la gran familia mesiánica en el mundo, la cual se funda en el año de 1989 en la ciudad de Guadalajara, Jal.. Actualmente ocupa la la Presidencia del Comité Directivo Myriam Levy-Chernoff.

Las Oficinas de la AJMM se encuentran en la ciudad de Guadalajara, aunque muchos de sus miembros afiliados radican en diversas ciudades del país (México, Monterrey, Tepic, Tijuana, Puebla, Mazatlán, Chapala, etc.).